El Consejo de Gobierno de la Junta de Extremadura, en sesión celebrada el 6 de Febrero de 2009, adoptó el acuerdo de autorizar la constitución de la Fundación Computación y Tecnologías Avanzadas de Extremadura (COMPUTAEX).

Se otorgó escritura de constitución de la Fundación el 24 de marzo de 2009 con el objeto, fines y actividades especificadas en sus estatutos.

La Fundación Computación y Tecnologías Avanzadas de Extremadura (COMPUTAEX) fue inscrita en el Registro de Fundaciones de Extremadura el 27 de abril de 2009 (patronato), dependiente de la Dirección General de Telecomunicaciones y Sociedad de la Información de la Consejería de Economía, Comercio e Innovación.

En marzo de 2010 la Fundación pasó a depender de la Dirección General de Ciencia y Tecnología de la Consejería de Economía, Comercio e Innovación (patronato).

En julio de 2011 se produjo la reestructuración del Gobierno de la comunidad autónoma de Extremadura, pasando la Fundación COMPUTAEX a depender de la Dirección General de Modernización en Innovación Tecnológica de la Consejería de Empleo, Empresa e Innovación del Gobierno de Extremadura (patronato).

En octubre de 2012, con el fin de coordinar el proceso de constitución y puesta en marcha del Centro de Investigaciones Científicas y Tecnológicas de Extremadura (CICYTEX), creado por la Ley 10/2010 de la Ciencia, la Tecnología y la Innovación de Extremadura, se atribuyen las funciones propias de la Dirección General de Modernización e Innovación Tecnológica a la Secretaría General de Empleo y Actividad Empresarial, que pasa a denominarse Secretaría General de Empleo, Actividad Empresarial e Innovación Tecnológica, dependiendo COMPUTAEX de la misma (patronato).