O Conselho de Governo da Junta da Estremadura, na sessão celebrada a 6 de Fevereiro de 2009, adoptou o acordo de autorizar a constituição da Fundação Computação e Tecnologias Avançadas de Estremadura (COMPUTAEX).

Foi outorgada escritura de constituição da Fundação a 24 de Março de 2009 com o objecto, fins e actividades especificadas nos respectivos estatutos.

A Fundação Computação e Tecnologias Avançadas de Estremadura (COMPUTAEX) foi inscrita no Registo de Fundações da Estremadura a 27 de Abril de 2009.

A Março de 2010 a Fundação passou a depender da Direção Geral de Ciência e Tecnologia da Conselheria de Economia, Comércio e Inovação.

A Julho de 2011 foi produzida a reestructuração do Governo da comunidade autónoma da Extremadura, passando a Fundação COMPUTAEX a depender da Direção Geral de Modernização em Inovação Tecnólogica da Conselheria de Emprego, Empresa e Inovação do Governo da Estremadura.

A Outubro de 2012, com o fim de coordenar o processo de constitução e posta em funcionamento do Centro de Investigações Cientificas e Tecnológicas da Extremadura (CICYTEX), pela Lei 10/2010 da  Ciência, Tecnologia e Inovação da Estremadura, foram atribuídas as funções própias da Direção Geral de Modernização em Inovação Tecnólogica à Secretaria Geral de Emprego e Actividad Empresarial, passando a charmar-se Secretaria Geral de Emprego, Actividad Empresarial e  Inovação Tecnólogica, dependendo COMPUTAEX da mesma.

A Agosto de 2013, de acordo com o decreto 135/2013 de 30 de Julho, a Fundação COMPUTAEX foi adscrita à Secretaria Geral de Ciência e Tecnologia.